Von 1890 bis 1892 widmete sich François zusammen mit seinem Bruder Hugo vor allem der kartographischen Erfassung des Landes. Nach Fertigstellung der „Alten Feste“ 1891 wurden Hauptquartier und Reichskommissariat von Otjimbingwe nach Windhuk verlegt, wodurch Windhuk nun auch Landeshauptstadt von Deutsch-Südwestafrika wurde. Besonderen Wert legte François auf die Schaffung eines, von den Engländern, unabhängigen Hafens; bei seinen Erkundungstouren wurde er an der Swakopmündung fündig und gründete hier am 12. September 1892 die Hafenstadt Swakopmund. Hier landete erstmals 1893 die militärische Verstärkung von 225 Soldaten, die wegen den zunehmenden Konflikten mit den Nama unter Führung ihres Häuptlings Hendrik Witbooi angefordert worden war. Mit Hilfe der Verstärkung griff François am 12. April 1893 deren Festung „Hornkranz“ an. Die Schutztruppe tötete mindestens 80 Menschen, darunter viele Frauen und Kinder. Witbooi selbst konnte fliehen. François Vorgehen verstieß dabei gegen die allgemeine Order des Auswärtigen Amtes in Berlin, keine kriegerischen Handlungen vorzunehmen.[5] Eine Depesche des Reichskanzlers vom November 1989, erlaubte nur das vorgehen gegen Einzelpersonen. Das Massaker auf Hornkranz beschäftigte in den Folgemonaten die internationale Presse, wobei die tatsächliche Opferzahl nicht abschließend aufgeklärt werden konnte.[6]
Am 1. Januar 1894 traf der designierte Nachfolger des bisherigen Reichkommissars und Befehlshabers der Schutztruppe in Swakopmund Major Theodor Gotthilf Leutwein ein. Er unterstand zunächst dem ebenfalls zum Major beförderten François und wurde von diesem in die Kolonie und ihre Probleme eingewiesen. Beide unternahmen zwar getrennte, aber aufeinander abgestimmte Erkundungszüge in den Süden des Landes, wo François im März 1894 in Gibeon und Keetmanshoop (damals „Modderfontein“ oder auch „Swartmodder“ genannt) befestigte Schutztruppen-Stationen errichten ließ. 1894 trat eine wesentliche Änderung im Status der Schutztruppe ein: bislang war sie quasi eine Privatarmee der Deutschen Kolonialgesellschaft; dies änderte sich durch kaiserlichen Erlass vom Mai des Jahres: die Schutztruppe wurde nun zum offiziellen Teil der Kaiserlichen Streitkräfte erklärt und erhielt den Namen „Kaiserliche Schutztruppe für Deutsch-Südwestafrika“ (was auch mit neuen Uniformen - den nunmehr blauen - verbunden war).
Im August 1894 verließ Curt von François Deutsch-Südwestafrika über Kapstadt, um nach Deutschland zurückzukehren. Er hinterließ seinem Nachfolger umfangreiches und fundiertes Kartenmaterial, auf dessen Grundlage die ersten militärischen Landkarten der gesamten Kolonie angefertigt werden konnten. Hugo von François, der jüngere Bruder von Curt von François, blieb im Lande und gründete die Farm „François“, wo er 1904 im Zusammenhang mit dem Hererokrieg fiel.
1897 heiratet von François Margret von Francois, geborene Meyer.